Pegasus Havayolları, 1990 yılında Aer Lingus, Silkar Yatırım ve Net Holding’in ortak girişimiyle İstanbul’da kuruldu. Mayıs 1990′da ilk uçuşunu gerçekleştiren Pegasus, iki uçakla başladığı yolculuğunu, bugün son model Boeing 737-800′lerin içinde bulunduğu 16 uçaktan oluşan bir filoya dönüştürdü. 18 yıllık başarılı geçmişiyle Türkiye’nin önde gelen charter şirketlerinden biri haline gelen Pegasus, 11 adet Boeing 737-800, 2 adet Boeing 737-400 ve 3 adet Boeing 737-500 tipi uçakla Türkiye’den 17 ülkedeki 100′ü aşkın farklı noktaya charter uçuşları yapıyor. Ayrıca, charter operasyonları dışında ekstra kapasite gerektiğinde diğer havayolu şirketlerine wet leasing (kiralama) hizmeti veriyor.

Yolcularına güvenli, rahat ve dakik uçuşlar sunmak için sürekli en yüksek operasyonel standartlara ulaşmaya çalışan Pegasus’un operasyonları, JAR-OPS 1 ve JAR- FCL’e uygun olarak Türkiye Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü tarafından onaylı. Ayrıca Pegasus Havayolları, İngiliz UKAS Akreditasyonu altında, SGS firması tarafından belgeli ISO 9001-2000 sertifikasına sahiptir.

Eğitim Pegasus’da öncelikli konulardan birisi. Pegasus, bakım servisleri dışında sektördeki diğer havayolu şirketlerine mürettebat, pilot ve teknik eğitimler de veriyor.

ESAS Holding, Ocak 2005′te Pegasus Havayolları’nın tamamını satın aldı. Ali Sabancı Yönetim Kurulu Başkanı, Sertaç Haybat ise Genel Müdür olarak görev yapıyor. Böylece, yeni Yönetimin oluşturmuş olduğu dinamizmin yanı sıra, müşteri beklentileriyle uyumlu olarak yeniden yapılanma süreci başladı. Bu çabaların ve müşterilerin talep ve beklentilerinin sonucu olarak, Pegasus Havayolları iç hat tarifeli uçuşlarına 1 Kasım 2005 tarihinde başladı. Pegasus, İstanbul Sabiha Gökçen Havalimanı’ndan iç hatlarda Adana, Ankara, Antalya, Bodrum, Dalaman, Diyarbakır, Gaziantep, Hatay, İzmir, Kayseri, Malatya, Mardin, Samsun, Trabzon, Van dış hatlarda ise Amsterdam, Düsseldorf, Lefkoşa, Kopenhag, Londra, Münih, Stuttgart, Tel Aviv ve Zürih’e tarifeli seferler ile uçuyor.

1990 yılında Aer Lingus, Silkar ve Net Holding ortak girişimiyle 2 uçaktan oluşan filoyla kuruldu. Nisan ayında Berlin Tegel Havalimanı’na ilk uçuş gerçekleştirildi.
1994 yılında Hisselerin %85′i Enternasyonal Turizm Yatırım, %15′i de Silkar’a geçti.
1995 yılında Amerika merkezli Carnival Airlines Pegasus’un ilk wet lease müşterisi oldu.
1999 yılında Filoya 10′uncu uçak olarak bir Boeing 737-800 eklendi.Kasım ayında İstanbul Atatürk Havalimanı’nda bakım ve depolama hizmetleri için yeni teknik hizmetler binası açıldı.
2002 yılında Yeni geliştirilmiş kanatlarıyla performansı arttırılan Boeing 737-800 W tipi uçağı üretiminden Türkiye’de teslimatı alan ilk havayolu şirketi oldu.
2005 yılında Ocak ayında, ESAS Holding satın aldı.İnternet’te Gelişmiş Koltuk Seçme Servisi’ne (Advanced Seat Selection Service) başlandı.
2006 yılında 20 Aralık’ta İstanbul Sabiha Gökçen’den dış hat tarifeli uçuşlara başladı.
2007 yılında Uluslararası Hava Taşımacılığı Birliği’nin (IATA) Operasyonel Güvenlik Denetimi’ni (IOSA) sıfır hatayla tamamlayarak, IATA’ya girdi